Neo dần khám phá ra thân phận của mình và anh tiếp tục gỡ từng nút thắt để hiểu rõ sự tồn tại của bản thân cũng như tìm cách cứu nhân loại khỏi sự thống trị của máy móc.
Đây là cơ hội cuối cùng cho Neo khi binh đoàn sâu máy đã tiến gần đến Zion - nơi ẩn náu của loài người. "Tất cả những gì có sự khởi đầu đều có sự kết thúc...", phần ba của bộ phim không chỉ hứa hẹn là một trận chiến khốc liệt mà còn muốn chứng minh một sức mạnh vĩnh cửu của loài người đó là tình yêu...